Презентация на тему "Виртуальный скрининг"

Содержание

• 
  Слайд 1
  
• 
  Слайд 2

  Занятие 4

  Виртуальный скрининг

• 
  Слайд 3
  

  Высокопроизводительный скрининг —экспресс-оценка активности больших коллекций соединений Недостатки: Достоинства: Стоимость В некоторых случаях невозможно разработать подходящую методику Надёжность Высокая эффективность при правильном использовании

• 
  Слайд 4
  
• 
  Слайд 5

  Высокопроизводительный VS виртуальный скрининг

  Виртуальный скрининг —оценка соединений вычислительными методами

• 
  Слайд 6

  Виртуальный скрининг

• 
  Слайд 7
  

  Преимущества: Скорость Низкая себестоимость Широкие возможности Недостатки: Достоверность

• 
  Слайд 8
  
• 
  Слайд 9
  
• 
  Слайд 10

  Генерация библиотек

• 
  Слайд 11

  Фильтрация

  Подструктурные дескрипторы (напр. токсофорные группы) Физико-химические свойства

• 
  Слайд 12

  PAINSPan Assay Interference Compounds

  Baell & Walters, Nature, 2014, 513, 481-483

• 
  Слайд 13

  Виртуальный скрининг основанный на лиганде (LBVS)

  Применяется: Поиск по сходствуструктур (similarity search) Поиск по сходству фармакофора На основе значений дескрипторов

• 
  Слайд 14

  Успехи LBVS

  Для испытаний Действительно испытанных

• 
  Слайд 15

  Виртуальный скрининг основанный на мишени (TBVS)

  —докинг во всём его многообразии

• 
  Слайд 16

  Дизайн de novo

  Идея состоит в том, чтобы собрать лиганд прямо в сайте «с нуля».

• 
  Слайд 17

  SARи QSAR

  SAR—Structure Activity Relationships. Поиск зависимости структура-активность QSAR – Quantitave Structure Activity Relationships. Поискколичественной зависимости структура-активность

• 
  Слайд 18

  SAR

  IC50 = 100nM IC50 = 10nM IC50 = 20nM IC50 = 1000nM IC50 100nM

• 
  Слайд 19

  SAR. Примеры.

  Что и как можно менять? —зависит от конкретной задачи Биоизостерические замены Изменение числа метиленовых групп Изменение степени ненасыщенности Введение или удаление циклических систем

• 
  Слайд 20

  SAR и QSAR

  Antimicrob Agents Chemother. 2011 May; 55(5): 2233–2244. IC50, nM https://ru.wikipedia.org/wiki/Plasmodium_falciparum#/media/File:Plasmodium_falciparum_01.png Plasmodium falciparum

• 
  Слайд 21

  QSAR